Câu chuyện bắt đầu với sự biến đổi kỳ lạ của Shinichi Kudo

Cậu học sinh trung học 17 tuổi, Shinichi Kudo, một thám tử học đường tài năng, bất ngờ bị biến thành cậu bé Conan Edogawa. Sự kiện này đánh dấu bước ngoặt lớn trong cuộc đời cậu.

Vụ án đầu tiên và sự phát hiện đáng sợ

Trong một chuyến đi chơi công viên "Miền Nhiệt đới" cùng Ran Mori, người bạn thời thơ ấu, Shinichi vô tình chứng kiến một vụ giết người. Nạn nhân là Kishida, một hành khách trên trò chơi Chuyến tàu tốc hành, bị sát hại một cách tàn bạo. Shinichi đã hỗ trợ cảnh sát trong việc làm sáng tỏ vụ án này.

Trên đường trở về nhà, cậu tình cờ phát hiện ra một hoạt động đáng ngờ của những người đàn ông mặc đồ đen. Khi bị phát hiện, Shinichi đã bị tấn công và bất tỉnh.

Apotoxin-4869 và sự thu nhỏ cơ thể

Sau khi bị đánh ngất, Shinichi bị ép uống một loại thuốc độc chưa được kiểm nghiệm, có tên là Apotoxin-4869, với mục đích thủ tiêu cậu. Tuy nhiên, thay vì tử vong, chất độc lại gây ra một biến đổi kinh hoàng: cơ thể cậu bị teo nhỏ lại thành hình dạng của một học sinh tiểu học.

Che giấu thân phận và cái tên mới

Theo lời khuyên của Tiến sĩ Hiroshi Agasa, Shinichi quyết định che giấu thân phận thật của mình để tránh sự truy đuổi của tổ chức áo đen. Khi Ran hỏi tên cậu, Shinichi đã kết hợp tên của Sir Arthur Conan Doyle và Edogawa Rampo, tạo nên cái tên "Conan Edogawa".

Cuộc sống mới tại nhà Mori

Tiến sĩ Agasa đã giải thích với Ran rằng Conan là cháu trai của ông, nhưng vì ông quá bận rộn nên cần Ran giúp đỡ chăm sóc. Ran đồng ý, và từ đó Conan bắt đầu sống tại nhà của Ran, đồng thời là văn phòng thám tử Mori. Tại đây, cậu vừa che giấu thân phận, vừa âm thầm điều tra tổ chức áo đen và tìm kiếm phương thuốc giải độc.

"Mori ngủ gật" và những vụ án được giải quyết

Kogoro Mori, cha của Ran, là một thám tử không mấy thành công. Tuy nhiên, kể từ khi Conan hỗ trợ ông phá án, danh tiếng của ông đã tăng vọt, và ông được biết đến với biệt danh "Mori ngủ gật".

Do ngoại hình bé nhỏ của Conan, cảnh sát thường không chú ý đến những suy luận của cậu. Conan đã tận dụng điều này bằng cách sử dụng súng gây mê để khiến ông Mori ngủ say, sau đó dùng thiết bị đổi giọng để giả giọng ông, giúp cảnh sát phá giải nhiều vụ án phức tạp.

Những nhân vật quan trọng khác

Bên cạnh Conan và gia đình Mori, câu chuyện còn giới thiệu nhiều nhân vật quan trọng khác, bao gồm cha mẹ của Shinichi (Yusaku và Yukiko Kudo), Heiji Hattori (một thám tử đến từ Osaka), Siêu trộm Kid, Sherry (người sáng chế ra thuốc APTX4869), và các thành viên của Tổ chức Áo đen như Gin, Vodka, Tequila...

Đội thám tử nhí và những cuộc phiêu lưu

Để duy trì vỏ bọc, Conan theo học tại trường Tiểu học Teitan và kết bạn với Genta Kojima, Mitsuhiko Tsuburaya, và Ayumi Yoshida. Cả ba cùng nhau thành lập Đội thám tử nhí lớp 1B, và trải qua nhiều cuộc phiêu lưu thú vị. Sau này, Ai Haibara (tức Sherry) cũng gia nhập đội.

Sự can thiệp của FBI và CIA

Trong quá trình điều tra, Conan phát hiện ra rằng FBI và CIA cũng đang theo dõi Tổ chức Áo đen. Cùng với sự lộ diện của các thành viên tổ chức, một số điệp viên của FBI và CIA như Shuichi Akai, Jodie Starling, James Black, Mizunashi Rena cũng xuất hiện.